A gyomorfekély vezető tünete a fájdalom, mely a gyomorszáj tájékán lép fel. A fájdalom rendszerint tompa, égő jellegű. Amennyiben a fájdalom a hátba is sugárzik gondolni kell arra, hogy a fekély a hasnyálmirigy irányába mélyre hatol.

A gyomorfekélyes fájdalomra jelllemző, hogy az közvetlenül az étkezés után szűnik meg, majd a gyomor kiürülésének előrehaladásával fokozatosan visszatér, általában az étkezés után 1-3 óra múlva. Ezt a táplálékfelvétel után szűnő, a gyomor ürülésével összefüggő fájdalmat éhségfájdalmaknak nevezzük.

A fájdalom oka pontosan nem ismert. Feltételezik, hogy a termelődő gyomorsav izgatja a fekélyben levő idegvégződéseket és így keletkezik fájdalom. Bizonyos ételek - fehérbor, édesség, erősen fűszerezett, zsíros ételek- fokozzák a panaszokat.